Le nombre d’entreprises bénéficiaires du crédit d’impôt recherche (CIR) a fortement augmenté depuis la réforme de 2007. Cette augmentation a principalement profité aux PME. Il est vrai que le dispositif est très avantageux et son efficacité vient d’être confirmée par le rapport du comité d’évaluation des « niches » fiscales (août 2011).

Ce dispositif permet, en effet, aux entreprises de bénéficier d’un crédit d’impôt pouvant aller aujourd’hui jusqu’à 40% du montant des dépenses de recherche et développement (R&D) éligibles. Il a fait l’objet au cours de ces dernières années de nombreuses modifications législatives, notamment en ce qui concerne le taux du crédit et le plafond des dépenses retenues.

Si, dans la théorie, le crédit d’impôt recherche apparaît en effet comme une formidable incitation à la recherche et à l’innovation; dans la pratique, les choses se révèlent un peu plus complexes pour les entreprises qui prétendent en bénéficier.

Toute incitation fiscale implique une vigilance accrue de l’administration fiscale en cas de contrôle, et l’expérience montre que les vérificateurs prêtent une attention toute particulière au CIR dont le bénéfice a été demandé par l’entreprise.

Le vérificateur n’a, en général, pas les connaissances pour apprécier le caractère scientifique des travaux de R&D. C’est pourquoi il est prévu que l’administration fiscale puisse solliciter l’avis d’un expert du Ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche pour s’assurer que les dépenses sont engagées pour une activité de recherche éligible.

La première difficulté réside dans le fait que, de cette saisine, il s’ensuit rarement un débat oral et contradictoire entre l’expert et l’entreprise vérifiée. En effet, il a été jugé que les experts désignés par le ministère n’y sont pas tenus. Bien souvent, l’expert va rendre son rapport sur la base des documents comptables et du dossier technique que l’entreprise a pu préparer pour justifier du bénéfice du crédit d’impôt, sans jamais se rendre dans les locaux de l’entreprise ni débattre avec le personnel qualifié.

De plus, dans des domaines techniques très pointus, qui nécessitent des compétences approfondies, la qualification de l’expert désigné peut ne pas être pleinement satisfaisante. La compréhension des projets déployés par la société n’en sera que plus difficile.

En principe, l’administration n’est pas liée par l’avis rendu dans le rapport de l’expert.  En pratique, elle ne s’autorise à s’écarter de cet avis que dans les cas, assez théoriques, de partialité de l’expert, de conflit d’intérêts ou de défaut manifeste de motivation.

Au stade de la proposition de rectification, si toutes les voies de recours de la procédure fiscale sont ouvertes pour débattre du bien-fondé du redressement, notamment par le biais du recours hiérarchique, aucune ne permet véritablement de débattre contradictoirement de la position de l’expert. L’inspecteur principal ou départemental se verra ainsi dans l’impossibilité, de bonne foi, de se prononcer sur un terrain technique pour lequel il n’est pas compétent.

Le seul recours véritablement pertinent est alors de déposer une réclamation contentieuse éventuellement accompagnée du rapport d’un expert que l’on aura mandaté afin d’inciter l’administration à faire intervenir un nouvel expert qui devra se prononcer sur les arguments soulevés par l’entreprise (et son expert). Autrement, une contre-expertise pourra être demandée devant le tribunal, ce qui oblige donc l’entreprise à engager un contentieux.


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Comment sécuriser dans ces conditions son crédit d’impôt recherche ?

L’objectif, s’il parait évident, est d’éviter le redressement ! Pour cela, la précaution minimale est de préparer soigneusement le dossier technique sur lequel se basera la demande de crédit d’impôt recherche. C’est au vu de ce dossier, fréquemment, que le vérificateur appréciera l’éligibilité des recherches,  puis, le cas échéant, que l’expert rendra son avis.

L’intervention d’un avocat fiscaliste dans la revue du dossier technique peut alors s’avérer nécessaire. Il pourra ainsi vérifier que l’ensemble des conditions d’éligibilité du CIR sont bien formalisées dans le dossier et anticiper les points qui pourraient être soulevés par l’expert pour contester le caractère novateur des recherches.

Une instruction fiscale visant à clarifier le champ d’application du CIR et les activités de recherches éligibles va prochainement être publiée et apportera des précisions bienvenues.

L’entreprise peut également demander préalablement au démarrage des travaux une prise de position formelle (rescrit) sur l’éligibilité de son projet de R&D, qui lui sera donnée dans un délai de trois mois.

Afin de s’assurer de l’éligibilité des travaux de R&D, une entreprise peut enfin solliciter auprès de son service des impôts un contrôle sur demande. Le résultat de ce contrôle vaut prise de position formelle opposable à l'administration fiscale.

L’utilisation de ces procédures permettra ainsi à l’entreprise de solliciter sereinement le bénéfice du crédit d’impôt recherche.

Enfin, lorsqu’aucune de ces procédures n’est utilisée et que le CIR est remis en cause lors d’un contrôle, il serait souhaitable, compte-tenu des enjeux financiers souvent importants, que les règles de procédure évoluent en rendant obligatoire un débat oral avec l’expert et pourquoi pas également une voie de recours contre l’avis de cet expert sans avoir à engager un contentieux pour cela.