El Tribunal Supremo, rechazando el criterio defendido al respecto por la Dirección General de Tributos en el pasado, considera que, en los supuestos de rectificación a la baja de las cuotas del impuesto sobre el valor añadido repercutidas —cuando aquélla se deba a la minoración de la base imponible del impuesto por alguno de los motivos recogidos en el artículo 80 de la Ley 37/1992—, los plazos establecidos en el artículo 89 del mismo cuerpo legal para rectificar (apartado uno) y, posteriormente, regularizar la situación tributaria del sujeto pasivo (apartado cinco) , se aplican de forma sucesiva.

El Tribunal Supremo, en su Sentencia 164/2018, de 5 de febrero, resuelve un recurso de casación que fue admitido a trámite fijando como cuestión con interés casacional objetivo para la formación de la jurisprudencia la consistente en determinar si, para emitir facturas rectificativas minorando las cuotas repercutidas como consecuencia de la modificación a la baja de la base imponible operada en virtud de alguna de las circunstancias previstas en el artículo 80 de la Ley del Impuesto sobre el Valor Añadido, ha de atenderse al plazo de un año previsto en el apartado cinco, párrafo tercero, letra b, del artículo 89 de la Ley 37/1992 —como considera la recurrente aplicando el principio de especialidad— o, por el contrario, debe estarse al plazo de cuatro años establecido en el apartado uno del citado precepto.

Con el objetivo de sentar un criterio interpretativo aplicable en estos casos, el tribunal analiza lo dispuesto en el aludido artículo 89, en el que se regula la rectificación de las cuotas del impuesto sobre el valor añadido repercutidas. A esos efectos, recuerda que el apartado uno del citado precepto recoge la obligación de los sujetos pasivos de rectificar las cuotas repercutidas cuando su importe se hubiera determinado incorrectamente o cuando se produjera alguna de las circunstancias que dan lugar a la modificación de la base imponible según el artículo 80 del mismo cuerpo legal —por ejemplo, cuando queden total o parcialmente sin efecto las operaciones gravadas o se altere el precio después de efectuarse la operación  (apartado  dos), supuesto este que resulta aplicable al objeto del recurso—. En estos casos, la rectificación deberá efectuarse en el momento en que se adviertan o se produzcan las circunstancias señaladas, siempre que no hubiesen transcurrido más de «cuatro años» a partir del momento en que se devengó el impuesto correspondiente a la operación o, en su caso, se produjeron las circunstancias a que se refiere el citado artículo 80.

Por su parte, en el apartado cinco del mismo precepto se aclara que, en estos casos, cuando la rectificación de las cuotas implique un aumento de las inicialmente repercutidas y no haya mediado requerimiento previo, el sujeto pasivo deberá presentar una declaración‑liquidación rectificativa del impuesto, aplicándose a ésta el recargo y los intereses de demora que procedan. Ahora bien, si la rectificación trae causa de alguna de las circunstancias establecidas en el citado artículo 80 o se debe a un error fundado de derecho, el sujeto pasivo podrá incluir la diferencia correspondiente en la declaración‑liquidación del periodo en que se deba efectuar la rectificación.

En el mismo apartado y para los casos en que la rectificación conlleve una minoración de las cuotas inicialmente repercutidas, la ley prevé que el sujeto pasivo pueda optar, bien por iniciar ante la Administración el procedimiento de rectificación de su autoliquidación, bien por regularizar su situación tributaria en la declaración‑liquidación correspondiente al periodo en que deba efectuarse la rectificación o en las posteriores hasta el plazo de «un año» a contar desde el momento en que debió efectuarse la mencionada rectificación. En este caso, el sujeto pasivo estará obligado a reintegrar al destinatario de la operación el importe de las cuotas repercutidas en exceso.

Pues bien, del tenor literal de los dos apartados citados del artículo 89, la entidad recurrente había entendido que ambos regulan un mismo plazo (el de rectificación de las cuotas repercutidas del impuesto sobre el valor añadido), estableciendo con carácter general uno de cuatro años (apartado uno)  y otro especial, de un año, para los casos en los que la rectificación sea a la baja (apartado cinco), considerando que debe prevalecer la norma especial sobre la general.

Dicha interpretación, ciertamente, se hacía eco del criterio mantenido por la Dirección General de Tributos en la Consulta V0710-05, de 27 de abril del 2005, en la que expresamente se apuntaba que «el artículo 89 […] establece en su apartado uno un plazo de rectificación de cuotas de cuatro años. Se trata de una regla general. Sin embargo, también el mismo artículo, en su apartado cinco, señala una regla especial para el caso de que la rectificación consista en minorar las cuotas inicialmente repercutidas. Para este caso particular, y sólo para este caso, se dispone de un año, en las condiciones anteriormente explicadas. Uno de los principios generales del derecho es el principio de especialidad. En este caso, la regla general (cuatro años) quiebra en favor de la regla especial (un año), por aplicación del mencionado principio de especialidad». 

Sin embargo, el Tribunal Supremo rechaza expresamente el criterio interpretativo que sobre el artículo 89 realizó el centro directivo en dicha consulta. En su lugar, el alto tribunal entiende que, en los casos en los que se hubiera repercutido una cuota calculada sobre una determinada base imponible —que posteriormente se modifica por alguna de las circunstancias previstas en el artículo 80—, aquélla debe rectificarse en un plazo de cuatro años contados desde que éstas se producen. Dicho plazo, a juicio del tribunal, opera para rectificar las cuotas repercutidas tanto si la rectificación es al alza como si lo es a la baja, ya que el legislador, en el apartado uno del artí- culo 89, no distingue en este punto.

Solamente una vez rectificada la cuota, y no antes ni simultáneamente, como de forma expresa señala el tribunal, el sujeto pasivo debe regularizar su situación tributaria (apartado cinco), distinguiendo aquí el legislador la forma en la que habrá de procederse en función de que la rectificación implique un aumento o una minoración de las cuotas inicialmente repercutidas. En este último caso, objeto del recurso resuelto ahora por el Tribunal Supremo, el sujeto pasivo puede optar entre solicitar la devolución de ingresos indebidos o regularizar su situación en el plazo de un año.

Así las cosas, el alto tribunal sienta el criterio en virtud del cual ha de entenderse que, para supuestos como el aquí planteado, el artículo 89 establece dos plazos sucesivos que considerar: en primer lugar, un plazo de cuatro años para rectificar las cuotas del impuesto repercutidas cuando la base imponible se haya modificado con arreglo a las circunstancias previstas en el artículo 80 de la Ley 37/1992 y en segundo lugar, un plazo de un año para que, producida tal rectificación traducida en una modificación de las cuotas repercutidas a la baja, el sujeto pasivo proceda a regularizar su situación tributaria o, en su caso, a instar un procedimiento de devolución de ingresos indebidos.