Dans son arrêt du 12 septembre 2013, la Cour tranche le débat de façon particulièrement nette et s’oppose au calcul d’un prorata de TVA sur la base d’un chiffre d’affaires mondial.
La Cour considère que calculer un prorata sur la base du chiffre d’affaires du siège et des succursales étrangères, remettrait « sérieusement en cause la répartition rationnelle des sphères d’application des législations nationales en matière de TVA, et la raison d’être du prorata ».

Elle estime qu’il n’est pas établi que le prorata mondial soit de nature à garantir dans tous les cas, un meilleur respect du principe de neutralité de la TVA ; et il existerait un risque que le prorata mondial améliore les droits à déduction du siège dans le cas où les dépenses n’ont aucun lien avec les activités des succursales étrangères.

La Cour souligne que l’on ne peut pas valablement soutenir que les services rendus par les succursales établies dans des pays tiers à l’UE - au profit de preneurs établis dans ces mêmes pays - doivent être considérés comme fournis par le siège lui-même.

Elle rejette enfin la solution consistant, pour le siège, à calculer un prorata mondial au sein d’un secteur distinct d’activité cantonné aux services rendus aux succursales étrangères. Pour la Cour, la notion de secteur d’activité ne peut pas s’appliquer à des zones géographiques mais seulement à des activités économiques, telles que les activités de producteur, de commerçant ou de prestataire de services.

Les banques et entreprises d’assurance dont les sièges rendent des services aux succursales - et réciproquement - doivent analyser la nature et le montant des dépenses consacrées à ces services pour déterminer si une autre alternative au prorata local peut être identifiée.

(1) CJUE, 12 septembre 2013 -  Aff. C-388/11 Le Crédit Lyonnais contre Ministre du Budget, des Comptes publics et de la Réforme de l’Etat