Le 4 juillet 2006, la Commission européenne a autorisé un régime d’aides à la recherche et au développement (R&D) notifié par les autorités belges et qui dispensait les jeunes entreprises innovantes (qualifiées de "Young Innovative Company") de reverser à l'Etat une partie du précompte professionnel en principe dû sur la rémunération de leur personnel scientifique.

Ce régime avait été instauré par la loi relative au pacte de solidarité entre les générations du 23 décembre 2005 qui contenait trois mesures de dispenses partielles de précompte professionnel visant la promotion des activités de R&D grâce à la réduction du coût du personnel scientifique :

  • Une dispense pour l’emploi de chercheurs affectés à des projets de recherche menés en partenariat avec des universités ou hautes écoles ;
  • Une dispense pour l’emploi de chercheurs détenant certains diplômes ;
  • Une dispense en faveur des « Young Innovative Companies ».

Afin d'être qualifiée en tant que Young Innovative Company une entreprise doit être une petite société, constituée depuis moins de dix ans et effectuer des dépenses en R&D d'au moins 15% du total de frais.
La Commission avait considéré que la dispense de précompte professionnel pour l’emploi de chercheurs affectés à des projets de recherche menés en partenariat avec des universités ou hautes écoles et la dispense pour l’emploi de chercheurs détenant certains diplômes, ne constituaient pas des aides d’Etat au sens du traité CE. Par contre, la dispense en faveur des « Young Innovative Companies » était qualifiée d’une aide d’Etat mais déclaré compatible avec le marché commun.

Dans le cadre de la notification, les autorités belges s'étaient engagées à modifier la législation nationale pour y inclure les définitions des catégories de recherches éligibles pour une exemption fiscale en vertu de l’encadrement européen sur les aides d'Etat à la recherche et au développement et à l'innovation. Cet encadrement classifie les catégories de recherche en "recherche fondamentale", "recherche industrielle", et "développement expérimental", chaque type de recherche donnant droit aux entreprises bénéficiaires à une certaine intensité de l'aide.

Lors d'un contrôle effectué en 2011, la Commission a constaté que ces définitions n’avaient été reprises dans la législation nationale qu’en 2013, soit sept ans après l’entrée en vigueur du régime. Selon la Commission, ces définitions sont indispensables pour cibler l'aide sur l'objectif de R&D et garantir une limitation de la distorsion de la concurrence et permettent donc de justifier les réductions du précompte professionnel. En outre, les autorités belges ont tacitement reconduit le régime après son échéance, en juillet 2011, tout en augmentant la réduction fiscale, sans le notifier à la Commission.

La Commission est donc d’avis à ce stade préliminaire de l’enquête que les aides accordées dans ce cadre ont pu procurer un bénéfice indu aux entreprises bénéficiaires en violation de l’encadrement européen précité.

En raison de ses doutes sur la compatibilité du régime avec le marché commun, la Commission a ouvert le 4 décembre 2013 la procédure formelle d’examen afin de vérifier si ce régime d’aides en faveur d’entreprises innovantes était conforme aux règles de l'UE relatives aux aides d'Etat. Cette ouverture d’une enquête approfondie a fait l’objet d’une décision formelle adressée à l’Etat qui a l’occasion d’y répondre et elle sera publiée au Journal Officiel de l’UE, ce qui permettra aux tiers intéressés de présenter leurs observations sur les aides mises en cause par la Commission.