De nouvelles règles issues de la directive 2010/45/UE sont applicables depuis le 1er janvier 2013 en matière de facturation (factures papier, factures électroniques, mentions sur factures, territorialité, exigibilité, stockage, etc.).
Le nouveau texte vise à assurer, à compter du 1er janvier 2013, l'acceptation par toutes les autorités fiscales de l'UE de factures électroniques dans les mêmes conditions que les factures papiers en autorisant non plus 2 voies possibles pour émettre/recevoir des factures électroniques "probantes" en TVA, mais désormais 3 :
- L'EDI fiscal (sous réserve de satisfaire à des conditions spécifiques) ;
- La signature électronique qualifiée/sécurisée (sous réserve de satisfaire à des conditions spécifiques) ;
- La nouvelle "voie de droit commun" prévue à l'article 289 VII 1° du CGI, applicable à toutes les autres solutions de facturation (papier et électronique), sous réserve de la mise en place par l'assujetti de contrôles internes, établissant une piste d'audit fiable entre la facture et la livraison de bien ou la prestation de services.
L'un des enjeux majeurs de cette réforme réside dans la nouvelle obligation pour les entreprises qui n’appliquent pas l’EDI fiscal ou la signature électronique qualifiée de documenter les contrôles internes et la piste d'audit de l’ensemble de leurs factures PAPIER et électroniques afin de leur donner une valeur "probante" en cas de contrôle fiscal (art 289 VII 1° du CGI en vigueur depuis le 1er janvier 2013).
Selon le projet de BOFiP, l'administration ferait désormais peser à la charge des entreprises une contrainte administrative nouvelle pour leurs factures PAPIER, la documentation devant inclure l'ensemble des contrôles "système/process" mais aussi "manuels/organisationnels", de même qu'une cartographie applicative des solutions informatiques utilisées.
Cette documentation - qui doit être mise à jour au gré des évolutions technologiques et organisationnelles de l'entreprise - permet à l'administration de vérifier que les entreprises gèrent correctement le traitement TVA de leurs flux ainsi que leurs outils d'audit et de contrôle interne.
Le défaut d'anticipation et de correcte prise en compte de cette nouvelle obligation, que l'on pourrait qualifier de procédure "SOX TVA" dédiée à la facturation, est susceptible (1) de générer des pénalités fiscales importantes et (2) d'entraîner un rejet pur et simple des factures entraînant, par exemple, la remise en cause du droit à déduction.
Les règles de facturation faisant l’objet de contrôles accrus de la part de l'administration fiscale, cette dernière dispose de nouvelles opportunités de redressements simples et efficaces. Ces risques sont d'autant plus élevés que le volume des factures émises/reçues est important.
