En nombre y representación de la Administración General del Estado se interpuso recurso de casación contra la Sentencia de la Sección 2ª de la Sala de lo Contencioso- Administrativo de la Audiencia Nacional de 21 de enero de 2010 mediante la que se anuló la resolución dictada por el Tribunal Económico-Administrativo Central de 2 de marzo de 2007, confirmatoria en alzada del acuerdo de 25 de febrero de 2005 del Tribunal Económico-Administrativo Regional de Andalucía por el que se denegaba la solicitud de devolución de ingresos indebidos relativa a la liquidación del Impuesto sobre Sociedades, ejercicio 2001, formulada por la Empresa Pública Puertos de Andalucía al entender que se trata de una entidad no exenta al amparo de lo dispuesto en el artículo 9 de la entonces vigente Ley 43/1995, de 27 de diciembre, del Impuesto sobre Sociedades.

El motivo de impugnación aducido en el recurso es la infracción por la sentencia impugnada del artículo 9.3.f) de la citada Ley 43/1995 (aplicable a los períodos impositivos cuyo plazo de declaración finalizase con posterioridad al 1 de enero de 2001 ex Disposición final tercera de la Ley 24/2001), por entender que cuando dicha ley se refiere a la Entidad de Derecho Público Puertos del Estado y a las Autoridades Portuarias alude exclusivamente a los adscritos a la Administración del Estado, por lo que la extensión de la exención contemplada para dichas entidades a la entidad de gestión portuaria de una Comunidad Autónoma supone una vulneración de la prohibición de aplicación analógica de las exenciones contenida en la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria.

La Empresa Pública de Puertos de Andalucía planteó la estimación de su recurso en la sentencia luego recurrida ante el Tribunal Supremo sobre la base de su naturaleza de entidad sin ánimo de lucro, el carácter público de sus ingresos y su equiparación a la Entidad de Derecho Público Puertos del Estado y a las Autoridades Portuarias. Dicha sentencia estimó su recurso atendiendo a la naturaleza tributaria de los ingresos percibidos por la citada Empresa Pública, aclarando que, al poder realizar también una actividad privada generadora de rendimientos, estos últimos quedarían fuera del ámbito de la exención. No obstante, al proceder los ingresos practicados cuya devolución se instaba de cánones y tasas portuarias, éstos estarían exentos, siendo procedente, por tanto, su devolución por indebidos.

De este modo, viniendo fundada la exención en la sentencia impugnada en la naturaleza de los ingresos de naturaleza pública que corresponden a las actividades ejercidas por la Empresa Pública Puertos de Andalucía en el ámbito de sus fines públicos y no en la aplicación de la exención parcial invocada por la parte recurrente, estima el Tribunal Supremo que la sentencia impugnada no ha infringido el artículo 9.3.f) de la Ley 43/1995, precepto no aplicado para resolver el litigio, por lo que el Alto Tribunal concluye que procede la desestimación del recurso, y ello «al margen de la opinión que esta Sala pueda tener sobre el ámbito subjetivo de la exención parcial invocada por el Abogado del Estado y sobre la no sujeción acordada en el fallo de instancia, que quedan sin juzgar en esta instancia casacional».