El Tribunal Supremo ha resuelto que el principio de regularización íntegra que impera en el marco de un procedimiento inspector debe regir también en cuanto a la posibilidad de aplicar y rectificar opciones tributarias, sin que la Administración tributaria pueda oponer como obstáculo la preclusión temporal de estos derechos, a tenor del artículo 119.3 de la Ley General Tributaria.

El Tribunal Supremo, en su Sentencia de 22 de noviembre del 2017 (rec. 2654/2016), resuelve un recurso de casación planteado por un contribuyente cuya situación fiscal, tras un procedimiento de inspección tributaria, terminó con la regularización, en el 2009, de su impuesto sobre sociedades correspondiente a los ejercicios 2003 y 2004. Pues bien, aunque son varios los motivos por los que la entidad recurrente discrepa de la liquidación practicada por la Administración a esos efectos, interesa aquí destacar uno ellos, esto es, el que guarda relación con la posibilidad de que un contribuyente que ha aplicado unas bases imponibles negativas en un determinado ejercicio fiscal pueda con posterioridad rectificar su autoliquidación trasladando dichos créditos fiscales a un ejercicio diferente.

A ese respecto, la recurrente en principio no compensó en la autoliquidación del ejercicio 2003 las bases imponibles negativas correspondientes a ejercicios anteriores y ello debido a la inexistencia de rentas positivas susceptibles de absorberlas, motivo por el que decidió aplicarlas en ejercicios posteriores (2005 a 2007). Sin embargo, una vez que dicho ejercicio 2003 fue objeto de regularización por la inspección, apareciendo entonces rentas positivas en la liquidación resultante de tales actuaciones, la recurrente intentó trasladar al 2003 las bases negativas inicialmente aplicadas al ejercicio 2005, cuya autoliquidación, en consecuencia, pretendió rectificar.

La Administración denegó su solicitud mediante un acuerdo que fue recurrido repetidamente hasta alcanzar la Sala de lo Contencioso‑Administrativo de la Audiencia Nacional, cuya sentencia es precisamente el objeto del recurso de casación ahora planteado por la recurrente ante el Tribunal Supremo. Los argumentos que se manejaron para desestimar la pretensión de la recurrente pivotaron sobre lo dispuesto en el artículo  119.3  de la Ley General Tributaria. Así, la Audiencia Nacional entendió que la aplicación de bases imponibles negativas y de deducciones procedentes de ejercicios anteriores son derechos del sujeto pasivo, pero su aplicación a un ejercicio concreto es una opción del propio sujeto pasivo. Por otro lado, señaló que los créditos fiscales de los que el contribuyente pretendía beneficiarse ya habían sido aplicados en ejercicios posteriores, lo que implicaba que el derecho había quedado ya agotado por su ejecución en ejercicios posteriores a los comprobados.

Pues bien, el Tribunal Supremo introduce matices relevantes sobre esta cuestión al considerar que la interpretación del citado artículo 119.3 «debe cohonestarse con el principio de íntegra regularización que rige en las actuaciones inspectoras, y tanto en las de alcance general como en las de alcance parcial». A esos efectos, el alto tribunal recuerda lo dispuesto en su Sentencia de 26 de enero del 2012 (rec. 5631/2008), en la que se aludía expresamente a la necesidad de que la regularización deba ser íntegra, «alcanzando tanto a los aspectos positivos como a los negativos para el obligado tributario». De ese modo, y aplicando lo anterior al caso objeto de análisis, el tribunal considera que se «impone que la regularización plasmada en la liquidación litigiosa debe conllevar para el contribuyente al que va dirigida (la entidad recurrente) todos los derechos que son inherentes a la nueva situación tributaria que para él resulta de dicha liquidación practicada como consecuencia de una actividad inspectora».

No obstante, tal y como aclara el propio Tribunal Supremo, las afirmaciones anteriores no se traducen en un reconocimiento para la recurrente del derecho a que se le aplique directamente la compensación que solicitó respecto de bases negativas en ejercicios anuales anteriores. Lo que sí implica es la concesión de un derecho, distinto al anterior, a que la Administración tributaria, antes de efectuar la liquidación resultante de la actividad inspectora, resuelva si era o no procedente la compensación solicitada en relación con los concretos créditos fiscales que fueron invocados respecto de ejercicios anteriores, pero sin que se permita oponer como obstáculo la preclusión temporal de este derecho. Simultáneamente, se reconoce también el derecho de la Administración de condicionar la compensación a la dejación sin efecto de la compensación que por los mismos créditos fiscales hubiese realizado la entidad en otros ejercicios distintos a los enjuiciados.

A partir de aquí habrá que ver cómo se modifica la doctrina sentada por el Tribunal Económico‑Administrativo Central en su Resolución de  4  de abril del 2017 (rec.  1510/2013), en la que señala que, si el contribuyente, aun autoliquidando una base imponible previa a la compensación positiva, decide no compensar importe alguno o compensar un importe inferior al límite máximo compensable en el ejercicio, ha de considerarse que el contribuyente optó por no aprovechar las bases imponibles negativas compensables y no podrá posteriormente —ya sea por vía de rectificación de autoliquidación o en el seno de un procedimiento de comprobación— modificar la opción ya ejercida de forma que le resulte a ingresar una cantidad inferior o a devolver una cantidad superior. 

En este punto se puede afirmar que el Tribunal Supremo no entra a analizar directamente si el régimen de opción previsto en el artículo 119.3 de la Ley General Tributaria es aplicable o no al ámbito de la compensación de bases imponibles negativas, pero lo cierto es que en el seno de una comprobación, de acuerdo con la doctrina del Tribunal Supremo, la Administración no puede entender que el citado artículo le impida entrar a valorar, tras la nueva situación derivada de la liquidación, la posible compensación de bases imponibles negativas pendientes de aplicación a la fecha de devengo del impuesto. Por tanto, al menos en el seno de una inspección (general o parcial), parece que deviene en inaplicable la doctrina del Tribunal Económico-Administrativo Central antes citada.