Tot 1 januari 2013 kende de kolenbelasting een vrijstelling voor kolen gebruikt als brandstof, maar deze is per 1 januari 2013 komen te vervallen. Kortgezegd mag op basis van de Energierichtlijn in principe geen kolenbelasting worden geheven op kolen gebruikt als brandstof, indien de geproduceerde elektriciteit al belast is met energiebelasting. Daar is slechts een uitzondering voor mogelijk indien de kolenbelasting geheven wordt in het kader van specifieke milieudoelstellingen.

Het Hof Den Bosch overweegt dat Nederland per 1 januari 2013 de vrijstelling heeft laten vervallen wegens budgettaire redenen, en dat het vervallen van de vrijstelling het gebruik van kolen niet zou verminderen. De vrijstelling is per 1 januari 2016 ook weer ingevoerd. Uit de parlementaire geschiedenis leidt het Hof af dat de wetgever zich zeer wel bewust was van de afwezigheid van milieueffecten van het vervallen van de vrijstelling. Op die grond acht het Hof het vervallen van de vrijstelling in strijd met de Energierichtlijn, en krijgt belanghebbende de betaalde kolenbelasting terug.

Ook andere energiebedrijven hebben het vervallen van de vrijstelling aangevochten, maar vooralsnog zonder succes. Onder andere Hof Den Haag had eerder geoordeeld dat het vervallen van de vrijstelling juist niet in strijd was met de Energierichtlijn. Die zaak ligt thans bij de Hoge Raad.