El Tribunal Supremo, en Sentencia de fecha 16 de marzo de 2016, (STS 1134/2016), vuelve a pronunciarse en relación con la diferencia conceptual existente entre el derecho a liquidar y el derecho a comprobar, ya incorporado en la Ley General Tributaria como consecuencia de la modificación operada en la misma a través de la Ley 34/2015, de 21 de septiembre, de modificación parcial de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria.

Según reza el Fundamento de Derecho Cuarto, el recurso de casación, interpuesto por la Administración General del Estado, se formula, en parte, contra la pretensión del interesado según la cual la declaración de prescripción del derecho a liquidar determinados ejercicios aprovecha, también, a la declaración de fraude de ley realizada por la Administración en relación con operaciones realizadas en los mismos, careciendo la Administración, por tanto, de potestad para indagar en ejercicios prescritos, invocando, a tal efecto, la Sentencia del mismo Tribunal Supremo de fecha 4 de julio de 2014.

El Tribunal afirma que el motivo de casación ya había quedado resuelto por diversas Sentencia dictadas por la Sala a lo largo del año 2015, en la que se mantiene el criterio que ahora sustenta la posición de la recurrente (la Administración).

En ese sentido, se cita la Sentencia de 26 de Octubre de 2015 (recurso de casación 3261/2014), respecto de la que señala que en la misma

“(…) hemos dicho de una forma rotunda (Fundamento de Derecho Cuarto):

Baste con señalar que en la Sentencia de 26 de octubre de 2015 (recurso de casación 3261/2014 ) hemos dicho de una forma rotunda (Fundamento de Derecho Cuarto):

"-El actual criterio de la Sala, con superación del mantenido en la mencionada sentencia de 4 de julio de 2014 (rec. de cas. 581/2013) es el que se expresa en nuestra sentencia de 5 de febrero de 2015 (rec. de cas. 4075) que se reitera en la más reciente de 23 de marzo de 2015 (rec. de cas. 682/2014).

En ella dijimos: "La Administración tributaria siempre ha entendido que, de acuerdo con el artículo 66 de la LGT 2003 (antiguo 64 de la LGT 1963 ), prescribe el derecho para determinar la deuda tributaria mediante la oportuna liquidación. La comprobación e investigación de la situación tributaria, aunque necesaria para liquidar la deuda tributaria, no estaba sometida a plazo de prescripción o caducidad alguno y ello porque se trata de un poder de la Administración distinto del de liquidar, que siempre ha estado regulado en un precepto propio ( art. 115 de la LGT 2003 y 109 de la LGT 1963 ) y respecto del cual la legislación nunca ha establecido expresamente que su ejercicio esté sometido a plazo. El artículo 115 de la LGT 2003 califica a dicho poder de potestad. Estamos por tanto ante una potestad administrativa puesta al servicio de la Administración para poder liquidar un tributo pero que, salvo que la Ley diga otra cosa, es imprescriptible como todas las potestades administrativas. El artículo 115 de la LGT 2003 ( art. 109 LGT 1963 ) no somete a plazo el ejercicio de las potestades de comprobación e investigación y el artículo 66 de la misma Ley tampoco las incluye dentro de los derechos de la Administración llamados a prescribir.

Esta tesis de que "lo que prescribe es el derecho de la Administración a determinar la deuda tributaria mediante la liquidación y a exigir el pago de las deudas liquidadas, no la actividad de comprobación, y que lo contrario sería como reconocer una especie de ultraactividad de la prescripción a ejercicios no afectados por ella", no es ni mucho menos ajena a la previa jurisprudencia de este Alto Tribunal, pudiendo encontrarla sustentada, por todas, en sentencia de 19 de enero de 2012 (recurso 3726/2009 F. de D. Sexto). No se puede, pues, excluir la posibilidad de que, dentro de las actuaciones de comprobación, puedan verificarse operaciones que integran el hecho imponible aun cuando tengan su origen en ejercicios fiscales ya prescritos.

Por las razones expuestas creemos que el derecho a comprobar e investigar no prescribe y que la Administración puede usar dichas facultades para liquidar periodos no prescritos, pudiendo para ello comprobar e investigar operaciones realizadas en periodos que sí lo están, pero que sigan produciendo efectos. Consecuentemente, con superación del criterio mantenido en la sentencia de 4 de julio de 2014 (casa. 581/2013), puede declararse en fraude de ley una operación realizada en ejercicio prescrito si fruto de dicha operación se producen efectos tributarios en ejercicios no prescritos.(…)”.

Como puede observarse, la posición interpretativa del Tribunal Supremo en esta materia no deja mucho margen para la duda, ratificando su doctrina lo que, ex novo y desde octubre pasado, ya incorpora el artículo 66 bis de la Ley General Tributaria en conexión con su artículo 115.