En 2009, Ryanair déposait une plainte relative à la taxe irlandaise sur le transport aérien devant la Commission européenne. Cette taxe, en vigueur depuis mars 2009, est due pour chaque départ d’un passager aérien depuis un aéroport irlandais. Les passagers en correspondance ou en transit sont exonérés du paiement de cette taxe. Or, dès son entrée en vigueur, le montant de cette taxe était calculé sur la base de la distance entre l’aéroport de départ et l’aéroport d’arrivée. À la suite de l’enquête de la Commission, un taux unique de 3 EUR, applicable à tous les départs, a été mis en place, indépendamment de la distance parcourue. 

Les critiques de Ryanair étaient focalisées sur l’exonération du paiement de cette taxe au bénéfice des passagers en transit et en correspondance profitant essentiellement aux compagnies aériennes Aer Lingus et Aer Arann, Ryanair opérant des liaisons point à point. En outre, Ryanair critiquait le taux d’imposition plus faible en fonction de la distance parcourue, initialement prévu lors de l’instauration de la taxe, et qui favorisait Aer Araan puisqu’au moins 50% de ses passagers voyageaient vers des destinations situées à moins de 300 km de l’aéroport de Dublin et bénéficiaient donc du taux d’imposition le plus faible.

Le 13 juillet 2011, la Commission avait conclu à l’absence d’aide dans la non-application de cette taxe aux passagers en correspondance ou en transit à l’issue d’une enquête préliminaire. Selon la Commission, cette mesure n’était pas sélective en ce qu’elle n’avait pas pour effet de favoriser certaines compagnies aériennes plus que d’autres.

Par contre, la modulation du taux en fonction de la distance entre la destination de départ et la destination d’arrivée constituait une intervention publique favorisant les destinations intérieures. Par décision du 25 juillet 2012, la Commission a dès lors constaté l’existence d’aide incompatible et illégale au profit des compagnies Aer Lingus, Aer Arann et Ryanair et a ordonné à l’Irlande de récupérer ces aides illégales.

Ryanair a intenté un recours en annulation à l’encontre de la conclusion de la Commission relative à l’exonération de la taxe au profit des passagers en correspondance ou en transit.

Selon la compagnie irlandaise, la Commission aurait dû émettre des doutes sérieux sur la compatibilité de cette exonération et, en raison de ses doutes, aurait dû ouvrir la procédure formelle d’examen. Cette procédure approfondie est ouverte par une décision formelle qui est publiée au Journal officiel de l'UE. Par cette publication, la Commission invite les parties intéressées (le bénéficiaire de l'intervention publique, le plaignant, les concurrents, les autres Etats, les associations professionnelles) à lui communiquer leurs observations. L'Etat concerné par l'enquête a ensuite la possibilité de commenter les observations des tiers. 

Le Tribunal de l'UE a retenu les arguments de Ryanair dans son arrêt du 25 novembre 2014. Il considère en effet que certains éléments du dossier révélaient des indices de difficultés sérieuses qui auraient dû justifier l’ouverture de la procédure formelle d’examen.

Premièrement, le Tribunal a relevé la durée excessive de la phase préliminaire d’examen, en l’espèce près de deux ans. 

En outre, le Tribunal est d’avis que l’analyse de la Commission était incomplète et insuffisante et que les éléments à sa disposition ne lui permettaient pas d’effectuer un examen suffisamment complet de la nature sélective de la mesure.

La Commission est donc invitée, à la suite de cet arrêt, à revoir sa copie et à ouvrir la procédure formelle d’examen afin de vérifier l’absence de nature sélective de l’exonération.

Cet arrêt, qui sanctionne une nouvelle fois tant la politique de la Commission européenne en matière de transport aérien mais également dans le cadre de la procédure formelle d’examen, ajoute une pression supplémentaire sur la Commission dans le traitement de plaintes dans le cadre de procédures préliminaires. Elle sera contrainte d’adopter des décisions plus rapidement dans le cadre d'enquêtes préliminaires et de manière mieux motivée.