4 sierpnia 2016 r. Senat przyjął nowelizację ustaw o CIT i PIT, wprowadzająca kolejną – obok przepisów regulujących dochody z dywidend – tzw. małą klauzulę obejścia przepisów prawa podatkowego. Nowe przepisy wyłączają neutralność podatkową wymiany udziałów w sytuacji, gdy jednym z głównych celów tej transakcji jest unikanie opodatkowania. Po przejściu dalszych etapów procesu legislacyjnego, klauzula może wejść w życie 1 stycznia 2017 r.

Neutralna podatkowo wymiana udziałów w spółkach stanowiła do niedawna jeden z najpopularniejszych elementów optymalizacji podatkowych. Przed podjęciem ww. kroków legislacyjnych, MF kwestionował neutralność podatkową takich transakcji, wydając negatywne interpretacje indywidualne i zmieniając interpretacje wydane wcześniej. Dotyczyło to sytuacji, w których udziały spółki przejmowanej, dające łącznie bezwzględną większość głosów, wnoszone są przez kilku wspólników. Zdaniem MF, w takim wypadku nie jest spełniony jeden z warunków neutralności podatkowej wymiany udziałów, tj. uzyskanie przez spółkę przejmującą bezwzględnej większości głosów w spółce przejmowanej.
Pogląd MF jest nieuzasadniony w świetle regulacji ustaw o PIT i CIT wprowadzonych w styczniu 2015 r., na podstawie których wymiana udziałów jest neutralna podatkowo również w przypadku przeprowadzenia kilku transakcji nabycia udziałów w okresie nieprzekraczającym 6 miesięcy. Przepisy te nie zawierają wymogu, iż udziały muszą zostać nabyte od jednego wspólnika. Stanowisko fiskusa jest konsekwentnie kwestionowane przez sądy administracyjne (m.in. I SA/Gl 409/16, I SA/Łd 377/16, I SA/Gd 1796/15). Podważanie neutralności podatkowej wymiany udziałów przez fiskusa okazuje się więc nieskuteczne.

Wprowadzenie tzw. małej klauzuli obejścia prawa w zakresie wymiany udziałów da fiskusowi nowe narzędzie kwestionowania neutralności podatkowej wymiany udziałów. Możliwość wprowadzenia takiej regulacji została przewidziana w dyrektywie Rady Unii Europejskiej 2009/113/WE z dnia 19 października 2009 r. Od dawna podobna regulacja występuje również w stosunku do połączeń i podziałów spółek – neutralność podatkowa tych transakcji jest wyłączona, gdy nie są przeprowadzone z uzasadnionych przyczyn ekonomicznych, lecz ich głównym (bądź jednym z głównych) celów jest uniknięcie lub uchylenie się od opodatkowania.

Zasadność wprowadzania kolejnej klauzuli szczegółowej może jednak budzić wątpliwości, z uwagi na fakt, iż w od 15 lipca 2016 r. obowiązuje ogólna klauzula obejścia przepisów prawa podatkowego zapisana w ordynacji podatkowej. Za wprowadzeniem małej klauzuli przemawiał zapewne argument, iż będzie ona łatwiejsza do zastosowania przez organy podatkowe niż klauzula ogólna. Regulacja ta pozbawiona została bowiem przepisów dających podatnikowi pewien poziom ochrony, przewidziany w przypadku klauzuli ogólnej (m.in. ograniczenie zastosowania klauzuli wyłącznie od transakcji przynoszących korzyść podatkową powyżej 100 tys. zł. rocznie).