​In antwoord op Kamervragen heeft Staatsecretaris Wiebes op 15 februari 2016 beloofd de BTW-koepelvrijstelling ruimer te zullen hanteren, zodat de BTW-problematiek bij gemeentelijke samenwerking in de vorm van een fusieorganisatie vrijwel geheel kan worden opgelost. Uiteraard is dit voor samenwerkende gemeenten goed nieuws. Maar alertheid blijft geboden, want in bepaalde situaties kunnen zich toch nog BTW-nadelen voordoen. 

Samenwerking tussen gemeenten komt in de praktijk veelvuldig en in allerlei vormen voor. Vaak met als doel de (kosten)efficiency te vergroten. Om de eventuele nadelige effecten van BTW-heffing weg te nemen, kent de wet de zogenoemde "koepelvrijstelling". Een overkoepelende instelling, bijvoorbeeld een gemeenschappelijke regeling, kan op grond van die vrijstelling bepaalde diensten zonder berekening van BTW aanbieden aan aangesloten gemeenten, voor zover die instellingen deze ingekochte diensten rechtstreeks gebruiken voor BTW-vrijgestelde prestaties of voor niet-ondernemershandelingen.

De koepelvrijstelling is echter gebonden aan strenge voorwaarden. Voorts zijn "besmette" diensten, zoals detachering van personeel, financiële ondersteuning evenals IT-dienstverlening van de vrijstelling uitgezonderd. De wetgever vindt concurrentievervalsing tegenover marktpartijen immers onwenselijk. De Belastingdienst stelde zich tot dusver nogal eens op het standpunt dat ambtelijke fusieorganisaties, zoals een gemeenschappelijke regeling, in ieder geval geen gebruik konden maken van de koepelvrijstelling, met als gevolg dat zij BTW moesten berekenen over de (personeels)kosten die zij omsloegen over de gemeenten. De fusieorganisaties verleenden volgens de fiscus immers één ondeelbare dienst aan de gemeenten, zodat niet kon worden uitgesloten dat de gemeenten deze diensten ook zouden gebruiken voor BTW-belaste prestaties. Voor de gemeenten ontstond aldus een extra kostenpost, althans als zij de BTW niet konden aftrekken of terugkrijgen via het BTW-Compensatiefonds. 

De Staatssecretaris heeft zich, gesteund door uitlatingen van de Europese Commissie, nu dus uitgesproken voor een ruimere toepassing van de koepelvrijstelling, namelijk in alle gevallen waarin gemeenten de ingekochte diensten van fusieorganisaties voor 70% of meer gebruiken voor hun overheidsactiviteiten of voor hun BTW-vrijgestelde activiteiten. Volgens de Staatssecretaris voldoen alle gemeenten aan die 70%-eis, zodat de BTW-problematiek is opgelost.

Een kanttekening is hier echter wel op zijn plaats. Een fusieorganisatie die de koepelvrijstelling voortaan gaat toepassen, kan de BTW op de inkoop niet langer meer verrekenen. Normaliter geldt in de gemeentelijke sfeer een regeling, op grond waarvan de fusieorganisatie de BTW mag "doorschuiven" naar de gemeenten, indien deze BTW bij de gemeenten compensabel is. Maar de BTW op de kosten van de fusieorganisatie die betrekking hebben op de niet-compensabele evenals op de aftrekgerechtigde activiteiten van de deelnemende gemeenten, kan niet worden doorgeschoven naar laatstgenoemden. Deze BTW blijft dus nog steeds als een extra kostenpost op de samenwerking drukken.