Wyjście Wielkiej Brytanii z Unii Europejskiej z pewnością będzie miało swoje skutki podatkowe, choć nie wydaje się, aby w najbliższym czasie były one czynnikiem, który w bardzo negatywny sposób będzie wpływał na transakcje pomiędzy Polską a Wielką Brytanią lub na przyjęte struktury holdingowe.

Pierwszy obszar, gdzie mogą pojawić się widoczne skutki wyjścia, to podatek VAT. Od 1977 roku stopniowo dokonywano harmonizacji podatku VAT w Unii Europejskiej, aby obecnie móc mówić o tym, że jest to w zasadzie jedyny w pełni zharmonizowany podatek. Występując z Unii Europejskiej, Wielka Brytania będzie mogła wystąpić ze zharmonizowanego systemu VAT i wprowadzić własne odrębności w tym zakresie lub nawet zmienić strukturę poboru tego podatku. Wydaje się jednak, że ze względu na dużą liczbę transakcji transgranicznych, gdzie obecny system VAT wprowadza wiele ułatwień w rozliczeniach, Wielka Brytania nie zdecyduje się na takie kroki. Już i tak bowiem samo wyjście z Unii Europejskiej spowoduje, że transakcje, które teraz mogą być traktowane dla celów podatku VAT jako wewnątrzwspólnotowa dostawa lub nabycie towarów, po ewentualnym wyjściu Wielkiej Brytanii z Unii Europejskiej staną się importem lub eksportem z państwem trzecim. W konsekwencji może to doprowadzić do utrudnień w przepływie pieniądza w związku z tymi transakcjami.

Ewentualne wyjście Wielkiej Brytanii z UE może mieć również swoje skutki na gruncie podatku dochodowego, choć tu w szczególności chodzi o tzw. podatek „u źródła”, podatki dochodowe w Unii Europejskiej nie są bowiem zharmonizowane. Implementowane przez kraje członkowskie Dyrektywy zapewniają wolny od podatku u źródła przepływ dywidend, odsetek i należności licencyjnych w ramach płatności dokonywanych w grupach kapitałowych. Jeżeli Wielka Brytania podejmie decyzję o opuszczeniu Unii Europejskiej, zasady poboru podatku u źródła będą regulowane wyłącznie przez postanowienia polsko-brytyjskiej umowy w sprawie unikania podwójnego opodatkowania, a nie przez Dyrektywy. O ile więc przy spełnieniu określonego progu udziału w kapitale możliwe będzie uniknięcie opodatkowania wypłacanych z Polski do Wielkiej Brytanii dywidend, o tyle pojawi się konieczność poboru podatku u źródła od wypłacanych w ramach grupy kapitałowej odsetek i należności licencyjnych. Jeśli więc Wielka Brytania zagłosuje za wyjściem z Unii Europejskiej, przyjęte w grupach kapitałowych struktury finansowania i udzielania licencji będą wymagały przeglądu i oszacowania wpływu tej zmiany na sytuację podatkową odbiorcy odsetek i należności licencyjnych.

Potencjalnie wyjście Wielkiej Brytanii z Unii Europejskiej może oznaczać również wyjście z Europejskiej Unii Celnej, co skutkowałoby wprowadzeniem procedur celnych na transakcjach Wielkiej Brytanii z krajami Unii Europejskiej. Jednak już teraz są kraje, które nie będąc członkami Unii Europejskiej przystąpiły do Unii Celnej, by usprawnić i uprościć procedury celne w obrocie towarowym (np. Turcja). Wydaje się, że opcja ta mogłaby również zostać wybrana przez Wielką Brytanię.